La chiesa della SS. Annunziata, si trova all'interno del sito archeologico di Paestum, in prossimità del Museo Archeologico di Paestum e confina con il settecentesco Palazzo Vescovile.
La chiesa risale agli inizi del V secolo d.C., fu concepita inizialmente come basilica “aperta”, tra il V-VI secolo quando Paestum da colonia romana diventa col diffondersi della religione cristiana sede vescovile, l’edificio assume le caratteristiche della basilica “chiusa”. La sua stratificazione è dunque molto interessante: ad elementi architettonici e decorativi pagani si affiancano elementi di epoca bizantina.
La primitiva struttura doveva essere costituita da un'unica aula absidata, preceduta da un quadriportico. Nel XII secolo venne ampliata ripartendola in tre navate tramite due file di colonne di spolio e dandole forme romaniche. Non si sa molto delle fasi più antiche della vita che vi si doveva svolgere d'intorno: prime informazioni le si hanno a partire dal 1500, grazie alle ad limina, relazioni redatte dai vescovi o dai loro preposti, durante i propri spostamenti. Dalle descrizioni si evince che all’epoca l'area zona versava in uno stato di desolazione e malcostume: molto diffusi, infatti, erano brigantaggio e miseria. Nel 1644 il vescovo Carafa definiva il sito «asperrimus», mentre il vescovo Carlo Francesco Giocoli, nel 1720, utilizzò il termine «disastrosissimo».
La chiesa, più volte abbandonata e ridotta in stato di rovina nel corso dei secoli, è stata rifatta in parte nel Cinquecento per scongiurarne il crollo, agli inizi del Settecento fu notevolmente modificata con forme barocche dal vescovo Odoardi: avendo riscontrato una chiesa ridotta a stalla e ritrovo di predoni, priva di ogni arredo sacro, egli fece realizzare l'altare maggiore, dedicato all'Annunziata, la cappella di S. Michele Arcangelo e quella dell'Addolorata. Il successore di Odoardi, Raimondi, apportò altre migliorie all'edificio di culto e, nel 1760, fece erigere il palazzetto tuttora adiacente alla chiesa. Attualmente presenta all’esterno un’elegante facciata settecentesca e l’interno a tre navate divise da antiche colonne che, inglobate nei pilastri di epoca barocca, sono venute alla luce grazie a recenti restauri. Nella seconda metà del Novecento un profondo intervento di restauro ha liberato le antichissime colonne dalle superfatuazioni settecentesche, riportando oltretutto la quota di calpestio al livello originario, più basso di quasi due metri. È ora possibile anche ammirare, nell'abside centrale, alcuni frammenti di affreschi dell'XI secolo.
Il primo affermarsi del Cristianesimo a Paestum è molto precoce ed è documentato a partire dal 344 d.C. Già nel V secolo, l'antica colonia romana diventa sede vescovile: è a questo stesso periodo che deve riportarsi l'origine dell'edificio cristiano nato come "basilica aperta" e in un secondo momento trasformata in "basilica chiusa", nella forma cioè che conosciamo. Fu eretta a cattedrale della diocesi di Paestum.
Dopo un periodo di relativa prosperità, anche Paestum, come tutta l'Italia, conobbe il flagello delle invasioni barbariche: devastata dalle invasioni saracene, la città, un tempo fiorente, fu completamente distrutta , ridotta in campo per seminagioni di frumenti per il bestiame. Questi eventi determinarono un lento ma inesorabile abbandono della città da parte della popolazione, che migrò verso l'interno cercando rifugio nei monti circostanti. Anche la sede vescovile fu trasferita da Paestum al nuovo centro di Capaccio, sebbene i vescovi continuarono a dirsi "pestani" fino al XII secolo. Il territorio pianeggiante fu abbandonato a se stesso, e conobbe un lungo periodo di miseria e desolazione, di abbrutimento e degrado sia ambientale che umano che si prolungò fino al '700 . Nella testimonianza dei vescovi secenteschi, l'antica cattedrale , intitolata all'Annunciazione della Beata Vergine, compare come estremo resto dell'antico splendore della città pestana.
Essa rimane infatti un centro religioso di grande richiamo, in cui i fedeli, secondo la tradizione, affluiscono in massa, e dove i vescovi che si succedono convengono nel giorno dell'Annunziata per celebrare solennemente tale festività religiosa.
Le sue strutture antichissime appaiono tuttavia deperite ed in rovina, tanto da richiedere successivi e ripetuti recuperi e restauri. La basilica paleocristiana fu trasformata
in chiesa in stile settecentesco con elementi barocchi. Il Pavimento fu sollevato di m. 1,80 sulla quota originaria; l'antica fisionomia fu profondamente alterata con pilastri che inglobarono il primitivo colonnato. La facciata fu rifatta e subì l'innalzamento del portale d'ingresso, che fu così livellato rispetto all'ultimo pavimento. Un campanile a vela ( che fu poi abbattuto durante gli ultimi restauri ) fu costruito sul fianco della chiesa e sono giunte a noi due campane che vi furono montate: una con data 1732 (si trova presso l'ingresso); mentre la seconda è tuttora montata sulla cappella adiacente alla chiesa. Solo i recenti restauri dell'anno 1968, compiuti dalla Soprintendenza ai monumenti di Napoli per sollecitudine dei Padri Vocazionisti ed in particolare del Rev. Ercole Alfieri, hanno portato alla luce le primitive strutture della Basilica, anche se ormai inserita in un complesso architettonico che è frutto delle varie, successive manipolazioni.